无论是高级班还是中级班的军官们的学习时间都是一个月，结业之后，他们带着使命回到了军队中，立即主持了轰轰烈烈的军队改造。
军队在那个月里一直训练，没有改变，不过饷银是发足的。
等到老长官回来，他们在兵部、总参人员的协助下，对官兵们进行甄别挑选，择其能战者、强壮者留下，为“新明军”的一部分，列为正兵，乃是正规军、野战军。
淘汰下来的官兵进行分流，一部分成为各地驻防的机动乡兵，叫做“团结兵”这样有喜感的名称。
为什么要用“团结兵”？
没别的，因为老大颜常武喜欢这个名字……
其余的确实不合适当兵的，则解甲归田，朝廷出资遣散。
比起以前要好，以前的朝廷要不没有钱，要不有钱也被各级官员克扣，但现在不同，朝廷兵部对于军饷非常重视，确保每一个官兵都能够拿足他们的收入。
所有正兵平均加百分之五十工资！
团结兵加百分之十至二十工资！
离开军队的官兵得到充足的遣散金。
饷银发足，没有谁与钱过不去，如此军队分流改造这么一件大事就轻易的被完成了，没有激起多大的反弹。
颜常武擒贼先擒王的措施起到了很大的作用，各部总兵、参将都认同他的管治，各部老大尚且如此，其他的人无话可说。
部队的变化很大！
东南府的作战军官、政治军官进入各支部队中，按东南府的训练大纲，因地制宜进行训练，
经过整编，在南直隶、江西、湖广、浙江、福建、广东、广西均设立了新军，其中南直隶驻扎了高杰、刘泽清共六万人，江西有刘良佐三万人，湖广有黄得功的三万人，至于浙江、福建、广东、广西则均有三万人，加上南京亦有二万人，总共新军达二十万人，团结兵有六万人，加上各支独立军，合计兵力达到了三十万人。
这些军队，全部被东南府所控制，军制如东南府，训练亦如东南府，吃得也是东南府的伙食。
饷银充足，训练充分，挂的是领袖的大幅戎像，军中只知领袖，不知道明帝。
有了他们的支持，加上颜常武自带的东南军十数万，颜常武遂能够大展拳脚。
他下达国公旨令，分别委派了越其杰（马士英妹夫）为江西布政使、袁枢（袁可立之子）为湖广布政使，为三地最高地方指挥连发，陈潜夫（一代名士）为浙江布政使，此三人，都是他所开设的东南府政治学院南京分校的佼佼者，已对他效忠！
军队开学习班，官吏亦开学习班，颜常武在学习班里灌输他的治政理念：忠君（就是听他的话）、发展经济、民生三大方面，主要是讲社会河蟹。
一些官员觉得很难适应，纷纷退群，但亦有一些官员应时而起，越其杰、袁枢、陈潜夫认同他的理念，自然得到了重用。
不过，他这一套在南明官员中争执很大，官员们普遍认为这是对自古以来朝廷牧民的一个巨大的倾覆！
“君君臣臣父父子子，三纲五常不容倾覆！”内阁中，礼部尚书王铎反对道。
“我们并没有倾覆这一套制度，主要是对民众要好一点，让他们能够活下去，为我们提供兵员和纳税粮！”首辅孙承宗说得明白道。
姚明恭亦道：“孟子曰‘君为轻，民为重’，我们虽不致于如此地步，但要让百姓得到好处，是为正理！”
阁员马士英谄事颜常武，说得粗俗地道：“我们吃肉，百姓喝汤，大家利益均沾！”
对于发展经济，南明官僚普遍有抵触，认为官就管民，哪管得了他们家里吃肉吃饭！