桓温废掉皇帝，虽然达到了自己的目的——树立个人的绝对权威，但是，也令人侧目，一不小心，就是株连九族的结局。
前秦皇帝苻坚对桓温这种做法，非常的不以为然，他道：“桓温此前败于灞上，而今又败于枋头，十五年内两次使国家军队遭受重大打击。不但不反思过错，向百姓谢罪，竟还废黜君主。六十岁的老叟如此举动，如何自容于天下？”
桓温大权在握，也觉得暗藏危险，当下对朝中的异己力量大加废徙。
武陵王司马晞好习武事，又在朝中担任太宰重职，素为桓温所忌。桓温以“聚纳轻剽，苞藏亡命”为由弹劾司马晞，免去司马晞与其子司马综、司马囗的官职，让他们返回封地。之后，桓温又逼新蔡王司马晃自首，称与司马晞、司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、散骑常侍庾柔等人谋反，将他们收付廷尉，请予诛杀。
简文帝知道桓温污蔑人家，想排除异己，当下死活不同意。
桓温虽然没杀他们，最终还是把司马晞、司马晃废为庶人，殷涓、庾倩、庾柔等人都被族诛。
颍川庾氏是高门望族，势力强盛，庾希、庾倩等兄弟六人皆为朝中显贵，深为桓温所忌。庾倩、庾柔被诛后，庾蕴饮鸩自尽，庾希则与弟弟庾邈、儿子庾攸之逃入海陵陂泽。不过，他们最终也没能逃掉，庾希、庾邈、武遵以及他子侄、部众全被桓温斩于建康。
桓温诛除庾氏，威势极盛。
司马昱一看桓温手段这么残忍，担心着自己会不会被废掉，当下向郗超询问桓温是否会再行废立。
郗超以家族百口担保不会再发生政变，司马昱这才稍微安心。
他想出了一个可以让自己更安心的办法，就是召桓温进京做官，那样一来，桓温军队不在身边，想造反就没那么容易了！当下进封桓温为丞相，想留他在京师辅政。
桓温哪里会不知道皇帝的心思？当下辞让不受，径直率军返回白石，还镇姑孰。
司马昱又派侍中王坦之征召桓温，请其入朝辅政，并增食邑万户。
桓温再次不鸟皇帝。
咸安二年（公元372年）七月，司马昱对桓温彻底没办法，忧愤之下，病情加重，当下急召桓温回朝，并在一昼夜内连发四道诏书。
桓温仍推辞不肯入朝，怕被司马昱所害。
司马昱无奈之下，只得传下遗诏，让桓温摄政，效仿周公。
这是他为了保住司马氏的无奈之举，因为，不让桓温摄政的话，他有可能叛乱。
侍中王坦之却据理力争，说天下不是司马昱的天下，而是司马懿和司马睿的天下，不该擅自主张，让桓温摄政。
司马昱听了，同意将遗诏中的“摄政”改为“辅政”，依照诸葛亮、王导旧例。
不久，司马昱驾崩。
桓温原以为司马昱临死会禅位给自己，或让自己摄政，而今听闻只是辅政，大失所望，怨愤不已。
司马昱驾崩后，群臣惧于桓温，不敢拥立太子，都认为应请桓温决定。尚书仆射王彪之极力反对，太子司马曜方才得以继位，是为晋孝武帝。