有司判处他死刑，但武则天想赦免他，因为来俊臣虽然坏，但好用，自己要谁死，来俊臣就会帮她去做恶。
所以，处死来俊臣的奏章送上已经三天，武则天仍不批下。
王及善上书说："来俊臣凶残狡猾，贪婪暴虐，是国家的大恶人，不除掉他，必然动摇朝廷。"
武则天游览宫廷园林时，吉顼牵马，太后向他询问宫外的事情，他回答说：“外边的人只奇怪处死来俊臣的奏章没有批下来。”
这个吉顼，也是恨死了来俊臣的人，因为当初来俊臣就想弄死他。
由此可知，到处树敌的人，一旦落井，肯定是到处下石的人！
武则天说：“来俊臣有功于国家，我正在考虑这件事。”
吉顼忙说说："“安远告虺贞谋反，后来真的反了，于安远现在只任成州司马。来俊臣聚集为非作歹的人，诬陷好人，贪赃受贿的财物堆积如山，被他冤屈而死的鬼魂满路，是危害国家的坏人，有什么可怜惜的！”
武则天听了，于是批准处死来俊臣。
万岁通天二年，公元697年六月三日，武则天将来俊臣斩于闹市并陈尸示众。
来俊臣要被斩，这是轰动京城！京城里的男女老少都去围观，觉得这是大快人心的事！
可见来俊臣被人憎恶到了人神共愤的地步了！
来俊臣被斩之后，人们不论是老少都争相去剐他的肉，很快就把他的肉割的丝毫不剩。
一个人，做人做到人们这么痛恨，也算是没白活了！因为，做恶做到这程度，也是相当难得的！
武则天得知民众如此痛恨来俊臣，这才下诏指责他的罪恶，而且说：“应该诛灭他全家族，以伸雪百姓的愤恨，可依法查抄他的家产！”
来俊臣身死族灭后，不论是士子庶民还是男人女人，人们都在大街上相互庆贺说：“今后睡觉的人背部才可以贴着席子了！”
来俊臣还掌权的时候，每次铨选，吏部受他嘱托越级授官的有数百人。
此时，来俊臣垮台后，侍郎都向朝廷自首。
武则天责备他们，他们说："我们辜负陛下，该当死罪！但我们扰乱国家法度，只加罪于自身；我们如果违抗来俊臣的意旨，立即灭族。"
武则天听了之后，觉得有道理，当下赦免了他们。
也就在杀死来俊臣这一年的九月，武则天与侍臣们有这样一段对话：
武则天对侍臣说：“之前周兴、来俊臣按狱，多连连朝臣，说他们谋反；国有常法，我怎么敢违背呢！中间似乎有不真的，我派近臣去监狱引问，得到罪犯的手状，都承认自己有罪，所以，我就没有什么怀疑。自周兴、来俊臣死后，不再听说有谋反的，难道，之前死的人有很多被冤枉的不成？”
夏官侍郎姚元崇对曰：“自垂拱年间以来，坐谋反而死的人，都是周兴他们罗织的，来显示他们的功劳。陛下派近臣问他们，近臣们也想自保，怎么敢违背他们！所问的，要是有翻覆的，惧怕遭到惨毒，不如让嘴犯速死。如今幸好皇上您天启圣心，周兴等伏诛，臣以百口家人为陛下担保，自今之后，内外之臣没有谋反的；如果有谋反的，就请治臣不告之罪！”
武则天听后很高兴，说：“以前的宰相都顺着他们做事，陷我为淫刑之主。如今听了你的话，真是深合朕心！”
这意味，武则天改邪归正，从此安心治理天下，不再起用酷吏了，也就是说，不再乱残杀人了，包括李氏宗室。
大唐，开始迎来了晴朗的天。