庞籍死后，司马光升堂拜其妻子好比自己的母亲，抚养他的儿子好像自己的兄弟，当时人们都认为他是个贤人。
司马光不久改任直秘阁、开封府推官。
交趾进贡异兽，叫作麒麟。
司马光听说后，提出自己的意见说：“是真是假是不可能知道的，即使是真的麒麟，不是它自己来的不足以作为祥瑞之兆，希望归还他们的贡物。”又献赋讽咏其事。
官吏上奏应当有日食发生，按故事日食不满分，或者京师看不见，都上表称贺。
司马光说：“各地能见到日食而京师却看不到，这是皇帝被阴险邪恶所遮蔽；天下都知道而唯独朝廷不知道，它所造成的灾害越来越严重，所以不应当庆贺。”
朝廷也同意了这一意见。
司马光用他的正直，被任命为同知谏院。苏辙对答皇帝的制书策问恳切直爽，主考官胡宿打算把他黜斥，司马光说：“苏辙有爱君忧国之心，不宜黜斥。”下诏把苏辙放在末等。
赵祯开始有病时，皇帝继承人没有立定，朝廷里的大臣都不敢作声。
谏官范镇首先提出这个建议，司马光在并州听到后接着提出建议，并且写信勉励范镇以死相争。
司马光还面陈皇帝说：“我过去任并州通判时，上呈了三个奏章，希望陛下果断切实实行。”
赵祯听了，沉思了很久，说：“莫非是想选择宗室作为继承人吗？这是忠臣之言，只是人们不敢提及而已。”
司马光说：“我说这事，自己认为必死无疑，想不到陛下如此开明并采纳。”
赵祯说：“这有什么害处，古今都有这样的事。”
司马光退下后一直没有听到诏命，又上疏说：“我从前进呈建议，估计马上会实行，现在寂无所闻，未见动静，这一定有小人说陛下正当壮年，何必马上做这种不吉祥的事情。小人没有长远的考虑，只是想在匆忙的时候，援立与他们关系很好的人而已。‘定策国老’‘门生天子’的祸害，可以说得完吗？”
赵祯大为感动地说：“把此疏送往中书省。”
司马光见到韩琦等人说：“诸公现在不及时决定皇位继承人这件事，将来禁宫中夜半传出寸纸片言，以某人为皇嗣，那么天下人不敢违抗。”
韩琦等拱手说：“不敢不尽力而为。”
不久，诏命赵曙判宗正，赵曙谢辞不就任，于是立他为皇子，又称病不入宫。
司马光说：“皇子辞谢不可计量的富贵，竟至于十天一月之久，可见他的贤能远胜他人。然而父亲呼唤不及答应就要去做，君命呼唤不等待车驾，希望陛下用臣子大义责成皇子，说他应当而且必须入宫。”
赵曙于是接受了当皇子的诏命。
司马光对于皇室之间的事，只要不合礼法的，他也管。
兖国公主嫁给了李玮，但俩人合不来。于是，皇帝下诏把李玮调出到卫州，他的母亲杨氏归其兄长李璋照顾，公主入居禁宫之中。
司马光立即对皇帝说：“陛下怀念章懿太后，所以让李玮匹配公主。如今李玮母子分离析别，家事穷困潦倒，难道皇上对他家已无顾念之心了吗？李玮已经遭黜斥，公主怎么会没有罪责呢？”
赵祯听了醒悟，降公主为沂国公主，对待李氏的恩泽不减。