顺帝虽昏庸,亦知国难当头,至正二十七年,公元1367年,他秘密在高丽济州岛建造宫殿,以备将来逃难之用。
就在元朝内乱的期间内,朱元璋坐大于南方,将陈友谅、张士诚、方国珍等群雄次第削平,并在至正二十七年,公元1367年十月发动“驱逐胡虏、恢复中华”的北伐战争。
至正二十八年,公元1368年正月,朱元璋自称皇帝,国号大明,建元洪武。
明军高歌猛进,势不可挡,到至正二十八年,公元1368年闰七月时,元顺帝才意识到内斗只会让朱元璋坐收渔利,当下与扩廓帖木儿和解,但为时已晚。
至正二十八年,公元1368年闰七月二十三日,明军抵达直沽,二十六日,知枢密院事卜颜帖木儿出大都迎战明军,被擒杀,太庙牌位也被收集好,在逃难时一起带走。二十七日,顺帝命淮王帖木儿不花监国,庆童为中书左丞相,自己则做好逃难的准备。二十八日,顺帝驾临大都清宁殿,召见众臣及三宫后妃与皇太子,正式宣布将逃往上都。
知枢密院事哈剌章,也就是脱脱的儿子,他力谏不可。
元顺帝说:“也速已败,扩廓帖木儿远在太原,何援兵之可待也?”
宦官赵伯颜不花跪地痛哭进谏说:“天下者,世祖之天下,陛下当以死守,奈何弃之!臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战,愿陛下固守京城!”
元顺帝叹息说:“今日岂可复作徽、钦!”
他到了这天夜里,大都健德门开,与皇太子、后妃及一百多名大臣出奔上都。
元顺帝一路上如惊弓之鸟,连山峰塌方都以为是明军到来。
八月十五日,元顺帝一行终于抵达上都。
此前大都已经在八月二日被明军攻占,监国淮王帖木儿不花等殉国。
元朝在中原统治结束,北元开始。
元顺帝在北逃时感慨道:“朕不出京师,安知外事如此!”到上都后又“昼夜焦劳,召见省臣或至夜分”“召见群臣,询恢复之计”,颇有重新振作的姿态。
这时,哈剌章请求顺帝命扩廓帖木儿入援,得到顺帝同意。
扩廓帖木儿不负顺帝希望,于至正二十八年,公元1368年十月初,在韩店与明军打了一个漂亮的胜仗。
远顺帝被这一胜利冲昏头脑,封扩廓帖木儿为齐王,并命令他挥师收复大都。然而,明军趁机偷袭,扩廓帖木儿大败,仅以十八骑逃走。
此后顺帝再度消沉,身体每况愈下,至正二十九年,公元1369年元旦朝贺时,他就托病不出。
此后经常因病缀朝。
这时,元军连战连败。
至正二十九年,公元1369年六月十三日,元顺帝又弃上都奔应昌,其间许多大臣进谏速奔和林,但由于阿鲁辉帖木儿事件的阴影,顺帝都没采纳。
至正三十年,公元1370年,元顺帝病重,由皇太子爱猷识理达腊总军国诸事。
同年四月二十八日,顺帝因痢疾驾崩于应昌,享年五十一岁,太尉完者、院使观音奴奉梓宫北葬。
他死后庙号惠宗,朱元璋以其“知顺天命,退避而去”,给予了“顺帝”的尊号。