朱元璋驻军和阳时，自己率军前去进攻鸡笼山寨，只留少量兵力帮助李善长留守。
元将探知，前来袭击，李善长设下埋伏，将元军击败，朱元璋认为李善长很有军事才能。
朱元璋获得巢湖水师后，李善长极力赞成渡江。
待朱元璋攻克采石，率军直趋太平后，李善长事先写下榜文，严禁士兵违反军纪。
太平城被攻下，李善长马上将榜文贴在四通八达的道路上，这样一来，使得军中秩序井然，秋毫无犯。
我们之前说了，李善长和刘伯温一样，能掐善算，这一事，就体现了李善长的能掐善算。
他很清楚，士兵进入太平城后，一定会违反纪律，做一些违反的事，所以，他事先就写好榜文。
这个做法，是等于料到了军队进城后的情况。
他为什么会料到呢？因为，他去想了进城后的情况。那么，问题来了，进城后的情况，他怎么会知道的？答案是：规律！他由眼前军队的情况，推算到了进城后的做法，也就是说，他根据规律，推算到了进城后的情况。
这就是神人神奇的奥秘！
李善长因为事前做好了准备，所以，使得军队进城后，没有胡作非为。
朱元璋当上太平兴国翼大元帅后，立即以李善长为帅府都事。
不久，李善长随军攻克集庆。
朱元璋在将要攻取镇江时，担心诸将约束不了部下，便佯装发怒，要惩罚他们。
李善长力救，此事才得以解决。
镇江攻下之后，百姓都不知道有兵到来。
朱元璋为江南行中书省平章，以李善长为参议。
这时，宋思颜、李梦庚、郭景祥等都为幕僚，而军机进退，赏罚章程，多由李善长决定。
朱元璋改枢密院为大都督府，任命李善长兼领府司马，晋升为行省参知政事。
之后，朱元璋称吴王，授李善长为右相国。
李善长通晓典故，裁决事务非常迅速，又善于辞令。
朱元璋有所招纳，总是命他写成文书。
朱元璋前后率军征讨，都命李善长留守，将吏顺从，居民安然，为前线将士运输兵饷、粮饷，从不缺乏。
李善长曾请求专卖两淮之盐，设立茶法，都是在再三斟酌元制、去其弊端之后提出来的。他恢复制钱法，开矿冶铁，制定鱼税，国家财富日益增加，使得百姓也不再贫困。
公元1367年九月，朱元璋论平吴之功，封李善长为宣国公。后，改官制，以左为大，以李善长为左相国。
朱元璋当初渡江时，经常使用重典。
有一天，他对李善长说：“法有连坐三条，不是太过分了吗？”
李善长因此请求除大逆之罪外，全部去掉连坐之罪。朱元璋于是命令他与中丞刘基等裁定律令，颁示朝中内外。
朱元璋即帝位后，追封自己祖先及册立后妃、太子、诸王，都由李善长担任大礼使。
朱元璋设置东宫官属，以李善长兼太子少师，授为银青荣禄大夫、上柱国，参与决定军国大事，其他仍然如故。不久，率礼官制定郊社宗庙之礼。
朱元璋巡幸汴梁，李善长留守，一切事情李善长都可以不经请示灵活处理。不久，李善长上奏确定六部官制，商议官民丧服及朝贺东宫礼议，奉命监修《元史》，编写《祖训录》、《大明集礼》等书。
至于确定天下山川神癨封号，封立诸王，爵赏功臣等等事情，事无巨细，朱元璋都委托李善长与诸儒臣商议执行。