高拱被撤职后，张居正成为了内阁首辅。
冯保又造王大臣事件，想要置高拱于死地。
幸好吏部尚书杨博、御史葛守礼等力救，还有张居正“贻书相慰安，乃止。”
高拱这才得免于难。
万历五年，公元1577年，张居正回故乡湖北江陵葬父，路过高拱的故里，专程探望高拱，两人相见掩面而泣，感慨不已。
然而，纸终究保不住火的，高拱后来还是知道了搞他的人，正是张居正！
他临终前，写了《病榻遗言》四卷，记述了张居正勾结冯保阴夺首辅之位的经过，将张居正描述为阴险刻毒的人物，大骂张居正“又做师婆又做鬼，吹笛捏眼打鼓弄琵琶”。
万历六年，公元1578年七月二日，高拱在新郑家中去世。
第二年，皇帝以“高某担当受降，北虏称臣，功不可泯”，赠复原官。
张居正死后，《病榻遗言》刊刻，此书在北.京广为流传，催化了万历皇帝对张居正的清算。
高拱，算是恢复了名誉。
他的一生，尤其是后半生，执于权力，做了许多过份的事，但是，击败蒙古，与蒙古互市，是他的功劳。
功比过大，所以，高拱还算是合格的大臣。
不过，和张居正没得比，因为，张居正不是合格的大臣那么简单，他是古往今来，了不起的名臣。
张居正当上内阁首辅后，开始实行他的政治抱负，实行“考成法”，明确职责。他以六科控制六部，再以内阁控制六科。对于要办的事，从内阁到六科，从六科都到衙门，层层考试，做到心中有数。改变了以往“上之督之者虽谆谆，而下之听之者恒藐藐”的拖拉现象。考成法的实行，提高了各级部门的办事效率，而且明确责任，赏罚分明，从而使朝廷发布的政令“虽万里外，朝下而夕奉行”。张居正整饬吏治的目的主要还是“富国强兵”，这条红线贯穿于他的改革之始终，实行考成法的最大收获也正在于此。
张居正在执行政策上，他“信赏罚”，“持法严”，使赏罚有准，不姑息。在他执政期间，“百官惕息”，“一切不敢饰非”，朝廷号令，“虽万里外，朝下而夕奉行”，行政效力大大提高。如：黔国公沐朝弼屡次犯法，应当逮捕，但朝廷舆论认为此事很难办，张居正就改立沐朝弼的儿子袭爵，派飞马前去捆绑沐朝弼，沐朝弼没有反抗，被解到京师，张居正免他一死，将他幽禁在南京。再如，张居正因御史在外常常欺凌巡抚，决定压一压他们的气焰。只有他们有一件事稍不妥，马上加以责骂，又饬令他们的上司加以考查。又如，当时天下不太平已经很久了，盗贼群起，甚至抢劫官府库房，地方政府常常隐瞒这类事情不上报，张居正下令如有隐匿不报者，即使循良的官吏也必撤职，地方官再不敢掩饰真情，抓到强盗，当即斩首处决，并追捕他们的家属，盗贼因此衰败。
第二个政策就是在地方官征赋上，不足九成者，一律处罚。
这个政策实行的当年十二月，据户科给事中奏报，地方官因此而受降级处分的，山东有十七名，河南二名，受革职处分的，山东二名，河南九名。这使惧于降罚的各级官员不敢懈怠，督责户主们把当年税粮完纳。
由于改变了拖欠税粮的状况，使国库日益充裕。据万历五年户部统计全国的钱粮数目，岁入达435万余两，比隆庆时每岁所入250余万两之数，增长了74%（《明通鉴》卷六七）。
财政收支相抵，尚结余85万余两，扭转了长期财政亏虚的状况。
正如张居正自己所说的：“近年以来，正赋不亏，府库充实，皆以考成法行，征解如期之故。”
可见，实行考成法虽是一种政治改革，但它对整顿田赋、增加国家财政收入起了很大作用。