不久，麻贵提拔为总兵官，镇守延绥。
万历二十二年，公元1594年七月，卜失兔纠集各部深入到定边，在张春井扎营。
麻贵乘敌人内部空虚，直捣河套敌人营帐。
这一战，麻贵斩首敌人二百五十多级。
麻贵从宁塞回兵，又迎击敌人的零散骑兵。
这时，恰逢敌人久留内地，辗转掠夺直到下马关。
宁夏总兵萧如薰抵挡不住，总督叶梦熊火速传令麻贵前往增援。
麻贵率副将萧如兰等人连战日丽马台、薛家洼，斩首二百三十多级，缴获牲畜物产一万五千。
朱翊钧为此还祭告祖庙，宣扬大捷，提升麻贵署都督同知，给予世代荫封。
第二年，卜失兔又犯边塞，抢掠了八天后才回兵。
顺义王奢力克与他相约求和，卜失兔不听，又准备大举入边。
麻贵统兵一万五千人，游击阎逢时等出红山为中军，参将师以律等出高家堡、神木、孤山为左军，参将孙朝梁等出定边、安边、平山为右军，而自己率领大军独当一面。
他衔杖急进，出塞六十里。
敌人不知道防范，大败。
麻贵俘虏四百多人，缴获马驼牛羊一千五百头。
朱翊钧得知后，龙颜大喜，再次提升麻贵官阶，给予荫封。
不久，麻贵因病回家。
万历二十五年，公元1597年，日本受封失败，起用麻贵为备倭总兵官，奔赴朝鲜。
不久，加封麻贵为提督，统领南北各军。
麻贵快马赶到王京，倭寇已经进入庆州，占据闲山岛，包围南原。
守将杨元逃跑，全州守将陈愚衷也逃跑了，倭寇乘机直逼王京。
麻贵另外派遣副将解生守稷山，朝鲜也命令都体察使李元翼出忠清道拦击敌前锋。
解生颇有斩获的功劳，参将彭友德也在青山击破敌人。
倭寇将领行长退守井邑，清正还兵庆州。
经略经理杨镐后到，分兵三协：左边为李如梅，右边为李芳春、解生，中间为高策。
麻贵与杨镐率左右二协兵力专门攻打清正。
高策驻守宜宁，向东援助两协，向西扼制行长。各军到庆州，倭寇全都退守蔚山，李如梅引诱敌人深入并将他们击败。
清正退保岛山，筑三砦自守。
游击茅国器率敢死队拔取敌砦，斩首六百五十级，各军于是进围岛山城。
岛山城刚用石筑成，很坚固，将士仰攻死亡很大。
麻贵军包围了十天，倭寇突然袭击并击败解生部。
第二年正月二日，行长来增援，明朝九将之兵都被击溃。
敌人在江上树立旗帜，杨镐非常害怕，仓惶撤军，却向朝廷报捷。
不久，失败的情形传来，皇帝罢免杨镐，责令麻贵立功赎罪。
麻贵分兵四路。
麻贵居东，抵挡清正，多次战斗，都有战功。
十一月，清正先逃跑，麻贵于是进入岛山、西浦各路，共俘毙二千二百多人。
第二年二月，率师凯旋，朝廷提升麻贵为右都督，给予世代荫封。