李化龙与之相左，遭致怀疑与斥责。
朝廷诏命黔蜀两省会勘，杨应龙当然愿赴蜀而不赴黔。
万历二十年，杨应龙赴渝受审，依法当斩。
这时，恰好倭人进犯朝鲜，杨应龙请求献金赎罪并带兵征倭，朝廷允准。
而四川巡抚王继光坚持严提勘结，杨应龙抗命不出，朝廷下令进剿。
万历二十一年，王继光会兵进剿，抵达娄山关。
杨应龙诈降，暗地遣兵据关冲杀，官军大败且死伤过半，王继光被革职。
万历二十三年，兵部侍郎邢玠命重庆知府王士请令杨应龙至綦江听勘。
杨应龙缚献黄元等12人抵斩，并请纳银四万两助采木赎罪。
朝廷允准，以子杨朝栋代其职、次子杨可栋留渝作人质。
不久，杨应龙闻次子死，拒缴赎金。
万历二十四年，杨应龙派兵袭掠余庆、大呼、都坝，焚劫草塘二司及兴隆、都匀各卫，围黄平，戮重安长官家。
万历二十五年，杨应龙劫四川江津、南川诸邑，袭击贵州洪头、高坪、新村诸屯，并侵扰湖广四十八屯，朝廷震怒。
万历二十七年，公元1599年，贵州巡抚江东之等率兵三千人进剿。
杨应龙令其弟杨兆龙、子杨朝栋至飞练堡迎战，官军无一生还，江东之被革职。
此时，明朝援朝抗倭战事已经结束，万历皇帝决心平定杨应龙叛乱。
同年五月，李化龙再度出山，奉命节制川、黔、湖广三省军务，主持平播战事。
杨应龙于官军集结前率兵八万陷案江，纵兵血洗綦江城。
万历二十八年，公元1600年初春，明军各路兵马陆续汇集播州附近。
李化龙持尚方宝剑，主持讨伐全局，坐镇重庆；郭子章以贵州巡抚坐镇贵阳；湖广巡抚支大可移驻沅江。
明军分兵八路进剿：总兵刘珽出綦江；总兵马礼英出南川；总兵吴广出合江；副总兵曹希彬出永宁；总兵童无镇出乌江；参将朱鹤龄出沙溪；总兵李应祥出兴隆卫；总兵陈璘出白泥。每路兵马三万，共计20余万人。
这种安排，足以说明神宗朱翊钧对于剿灭杨应龙的决心。
八路大军中，刘珽绰号刘大刀，是平倭名将，夙有威名，所部骁勇善战。
綦江在播州的北面，杨应龙也以重点屯兵于此，以其子杨朝栋亲领苗兵数万进行防守。
然而，苗兵畏惧刘珽，一听“刘大刀至矣”，往往不战而溃。
罗古池一战，杨朝栋差点被俘。
刘珽率军一直攻到了娄山关下。
娄山关是杨应龙老巢海龙囤的门户，与海龙囤并称天险，易守难攻，但是，却被刘珽在四月至六月两个月内连续攻破。
六月初六日，杨应龙见败局已定，与爱妾周氏、何氏关门自缢，儿子杨朝栋、弟杨兆龙被俘。
战役前后历时114天，斩杀杨应龙的部队二万人。
万历二十八年，公元1600年十二月，李化龙班师回朝，并将杨朝栋等六十九人押解到京师，磔于闹市。
至此，平播一战，朝廷以完胜结束。
杨应龙的叛乱，简直就是愚蠢行为！因为，以当时大明的军力，别说杨应龙小小的土司，就是蒙古和日本，都远非大明敌手。所以，他的叛乱，完全是不懂形势，自找死路的行为。
他的为人残忍行暴，再加上不懂形势，所以，真是死有余辜，死不足惜。