主要依据有清末给光绪看病的名医屈桂庭他的回忆录中说：“光绪在临死前三天，在床上不停地翻滚，并且不停地大叫，‘肚子疼得不得了。’脸色发暗，舌头又黄又黑，明显是中毒症状。”
根据这种说法，光绪是被毒死的，最大的嫌疑人是慈禧太后，因为她是当时最有权势、又严密控制光绪帝的、是最好下毒、最可能下毒的人。
第二种：袁世凯见慈禧一病难起，怕慈禧死后，光绪掌握实权，报复自已在戊戌变法出卖皇帝的行为。于是贿赂宫廷宦官，用剧毒药物害死光绪帝。
这种说法最有权威的依据是清朝最后一个皇帝溥仪的说法，溥仪说：“我亲耳听到一个侍候光绪帝的老太监讲：’光绪帝死前一天，只是用了一剂药，才变坏的。后来才知道这剂药是袁世凯送的。”
第三种：太监李莲英得悉光绪帝的日记中载有西太后死后将诛袁世凯和他的消息，与慈禧一起阴谋将毒药投入光绪帝的食物中致使光绪帝中毒身亡。
第四种：有专家根据光绪帝生前的病历，结合当时的历史背景和现代中医学理论，推断是光绪帝因为严重肺结核病加上其它并发症，导致死亡的。
第五种：光绪帝有严重的肾亏，加上光绪帝从小身体虚弱。从几岁起就受慈禧的压制，长期处在紧张之中。后来又在做皇帝时更是经历一连串的挫折和打击，病情逐渐加重，引起一系列呼吸道、消化道、等并发病症，最后病亡。这一说法主要依据是光绪生前的病历和光绪生前自已的一段回忆。
但是，仇恨袁世凯的人和袁的政敌更愿意相信，光绪是被袁世凯所害。
可以想象，如果慈禧死在光绪皇帝前面，光绪可以亲政，要做的第一件事，肯定就是杀袁世凯。
现在，皇权落入了光绪的家人之手，光绪的家人和袁世凯的政敌看到机会来了，纷纷上奏朝廷，要求杀袁世凯实现光绪皇帝的遗愿。
逃亡海外的康有为和梁启超也分别发表讨袁檄文，提出“先帝之丧苟有可疑，袁世凯固賊也；即无可疑，袁世凯也賊也 。”
是说，无论光绪皇帝的死与袁世凯有无关系，袁世凯都是賊，都必须除之。
在一片倒袁声中，袁世凯可谓惶惶不可终日。
外界也有种种猜测，担心中国的对外政策发生变化。
一九零八年的十一月二十一日，二十六岁的摄政王载沣首次接见外国公使，袁世凯在坐。
似乎给人传递出的信息是：诛杀袁世凯的消息不过是谣言。
同年十二月二日，溥仪正式登皇帝位，定明年也就是一九零九年为宣统元年。
溥仪登基的第二天，清廷重申了准备立宪的时间表，宣布宣统八年，也就是一九一六年颁布宪法。
表示，政治体制改革的国策将继续坚持。
十二月十三日颁布监国的摄政王礼节，也就是在制度上明确了摄政王的权限，向外传递的信息是，治国不能靠个人的随意性，而要用制度和规章。
十二月十六日，十八日连续下旨，要求各省督抚认真考查吏治，要求各级官员崇尚节俭，摒弃浮华，是告诉国民，新政权要反腐败了。
十二月十九日，封官加冕，奕劻被赏加世袭罔替，也就是被封为铁帽子王。载沣的兄弟载洵、载涛被加郡王衔。张之洞和袁世凯加太子太保衔。
奕劻和袁世凯的加封，遭到了倒袁派的强烈反对。
御史江春霖上书摄政王：“伏思庆王在庚子虽稍有微劳，而自当国以来，政以贿行，官以私进，如袁世凯、徐世昌、杨士骧、赵秉钧、冯汝骙、唐绍仪、袁树勋、增韫等，莫不以重贿破格擢用。
“而袁尤为其腹心，借新政为名，引用私党，遂令官场相习成风，以奔走为事，钻营为能。令今摄政王监国，此风少息，盖以我摄政王素有贤声，将退小人而用君子。今庆、袁等又邀巨宠矣，不知者以为庆王宠仍不替，宵小之徒且复彈冠相庆矣，袁等之门又如市矣，造端虽微，而关系于前途者甚巨。我摄政王其重思之。”