李颇踌躇，认为：“被免了职才起兵讨袁，人将以为恋栈挟嫌，岂能言顺。”所以决定离江西至上海谒孙中山再作计较。
李烈钧于六月十五日经安徽至上海，下榻斜桥路六十号。
柏文蔚是主张使用武力的，且打算首先在安徽发难，曾密赴上海向孙中山请示。孙因为安徽逼近北方，且可拱卫南京，似不宜先动。最好由湖南、广东、江 西各省先行独立，迨袁出兵，安徽便可截击。所以劝阻了柏，柏被袁免职即赴南京升平桥小住。
李烈钧在上海分别见到了孙中山、黄兴、陈其美等，反复会商今后对袁应付策略。中山先生在宋案后本就一直主张武力讨袁，现在则起兵之心更加坚决。其他人也深感袁世凯这是在斩尽杀绝，再退让下去，袁世凯只能是更加猖狂，更加有持无恐。当前只有一途，就是举兵反抗。
黄兴这时已派人在南京调动军队。
李烈钧激于义愤，愿任首难之责。遂于七月七日自上海轻装潜返江西，七月八日抵达湖口。召集旧部第九、十两团 ，及辎重工程两营，于七月十二日占领湖口炮台，檄告中外，宣布独立。
李部混成团团长林虎，自告奋勇，愿任九江 前敌军总指挥。第一师师长欧陽武，第二师师长刘世均，赣南第四旅旅长蔡森，均电告整军备战。
中华民国二年七月十三日，江西省议会公举李烈钧为江西讨袁军总司令，慷慨誓师，发布讨袁檄文：
“民国肇造以来，凡吾国民，莫不欲达真正共和目的。袁世凯乘时窃柄，帝制自为。灭绝人道，而暗杀元勋；弁髦约法，而擅借巨款。金钱有灵，即舆论公道可收买！禄位无限，任腹心爪牙之把持。近腹盛暑兴师，蹂躏 赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇仇，实属有负国民之委托。我国民宜亟起自卫，与天下共击之！……”
这就是民国史上的“二次革命”，也称“癸丑之役”、“赣宁之役”。
事实上李还未就讨袁总司令以前，江西军便已和北洋军有了接触。七月十二日晚北洋军步兵第二十四团团长张敬尧，已率全团抵赣。
十二日拂晓，北军开始攻击，赣军以一连应战，士气高涨，俘虏北军百余人，掳获甚多。北军第十二旅旅长马继增赶来增援，而赣军已奏捷后鸣金收兵了。这一战张敬尧惨败，赣军夺获北军槍枝百余支，毙连长一名，排长五名，士兵二百余人，俘虏营副一人。讨袁军只伤了士兵一人。
李烈钧湖口倡义后，湖南都督谭延闿紧接着宣布独立，福建方面师长许崇智亦宣布起义。福建都督孙道仁犹存观望，许迫孙，孙不得已乃勉强加入讨袁军。
安徽方面柏文蔚交卸都督后，本已至南京小住。当李烈钧返江西后，柏文蔚亦于七月十七日返安徽宣布独立，以响应江西。不料安徽军师长胡万泰已被袁世凯收买，反戈对付柏，深夜勒兵围攻都督府。柏文蔚不及躲避几乎遇险，乃出走芜湖。胡万泰联合海陆军进攻芜湖，柏力战不支，惨遭失败。
上海方面则由陈其美策划部署。广东由都督陈炯明与胡汉**合于七月十八日宣布独立，本拟出兵援赣。但因广西都督陆荣廷、巡防统领龙济光投靠袁政.府。广东受广西牵制，乃不能出兵。四川方面川军第三师长熊克武于八月四日组织讨袁军，宣布独立。
李烈钧在江西发动讨袁后，中山先生本打算亲赴南京主持。黄兴觉得戎伍之事非孙中山所长，乃自告奋勇请缨，于七月十四日赴南京。临行急促甚至连其夫人均未通知，直到抵南京后才致书夫人。
黄抵宁后，即召集驻南京的第一、第八两师军官会于八府塘李鸿章相府。决议组织讨袁军，响应江西。
当时南京驻军中，要塞司令吴绍璘，讲武堂副长蒲鉴，要塞第二团教练官程凤章均为袁世凯的人 ，持反对态度。黄兴当即将三人抓捕处死，以立军威。
江苏都督程德全弃职走上海后，南京方面以江苏都督程德全名义宣布独立，并任命黄兴为江苏讨袁军总司令。以黄葆仓为参谋长，许崇灏为参谋主任，秦效鲁为筹饷处长，沈缦云为造币厂厂长，朱寿颐为接收马府街袁**陆军部仓库专员。
同时檄令驻徐州第三师冷遹部堵击南下袁军，第一师章梓、第八师陈之骥出兵临淮关控制要隘。
南京于七月十五日慷慨誓师。