为表示支持这次南京会议的召开，五月十七日，袁世凯打电报给冯、张、倪三人，电云：
“予自退隐田园，无心问世。不幸辛亥变作，强与诸君子出任国事，不避艰险，而心长识短，丛脞横生。自滇省发难，远近骚动，既无洞察之明，又乏应变之策，夙夜惭怍，早存退志。迭与政要诸人密筹善后办法，众谓对内对外，关系极重，稍有不慎，危亡随之。近日唐继尧、刘显世、陆荣廷、龙济光等以退位为要永，陈宦亦相劝以休息，均获我心，予德薄能鲜，自感困苦，亟盼遂我初服之愿，决无贪恋权位之意。
“然苟不妥筹善后而撒手即去，听国危亡，固非我救国之本原，尤觉无以对国民。目下最要在研究善后之道，一有妥善办法，立可解决。该上将军等既约同各省代表就近齐集，讨论大计，毋任欣慰。时局危迫，内外险恶相逼而来，望将善后办法切实研求，速定方针，随时与政.府会商，妥定各负责任，使国家得以安定，不致立见倾覆，幸盼遏亟！”
明面上摆出一种超脱的高姿态，暗中却调兵遣将，作最后挣扎。他命梁士诒负责赶筹军费，命曹汝霖许日本以优厚条件交换政治贷款。
这个时候，陕西、湖南等地已经近乎失控，袁世凯首先拟定了一个“征湘、定陕、固鲁”的计划。
计划是派倪嗣冲为征湘统帅，事定后调王占元督理湖南军务，以倪嗣冲督理湖北军务。派雷震春由河南进军陕西。调开态度暧昧的靳云鹏，派张怀芝督理山东军务，对山东民军进行镇压。
另一方面他准备调冯国璋为征滇总司令或内阁总理，筹备向西南护国军再度发动全面攻势。同时许张勋督理江苏军务，以换取张对自己的拥戴。
南京会议于五月十八日开第一次会，出席南京会议的十七省代表名单是：江西何恩溥、程用杰，山西崔廷献、李骏，山东孙家林、丁世峄，河南毕太昌、叶济，奉天赵锡福、王恩洪，吉林张恕、戴艺简，黑龙江李景林，湖南陈裔时，湖北冯煦、杨文恺，福建贾文祥，上海赵禅、王滨，直隶吴焘、刘锡钧，热河夏东骁，察哈尔何元春，绥远熊开先，徐州万绳栻，蚌埠裴景福。
从十九日至二十一日，连续召开开第二次、第三次、第四次会议，二十二日召开第五次会议，因无结果散会。
在首日的第一次会议上，山东代表丁世峄提出袁世凯必须退位的建议，这当然是得到冯暗中支持的。
丁世峄是辛亥年首先在山东策动独立的人，筹安会成立前，他曾密呈袁主张改行帝制。湖南代表陈裔时附和丁的建议，各省代表也没有反对，看起来，袁退位问题在南京会议第一次会议中已占了极大的优势。
不料当天晚上形势为之一变，倪嗣冲带了三营卫队赶来南京。倪本来已派了裴景福为代表出席南京会议，他率领卫队来开会，很明显，他是受了袁世凯的指使，来掌控会议的。
倪嗣冲到南京后，五月十九日参加了第二次会议。
他首先发言，主张维持袁的总统地位。丁世峄站起来反对倪的意见，湖南代表陈裔时、湖北代表冯煦、江西代表何恩溥先后发言，附和丁的意见。
倪气势汹汹地问丁说：“你是不是靳将军的代表（这时靳尚未被撤职）？靳将军是拥护中央的，你为什么私通南方？”
陈裔时代丁解释说：“不是不拥护中央，而是君子爱人以德，也是为了袁大总统。”
冯煦、何恩溥也随声附和说：“主张退位并不等于反对袁总统，而是为袁总统设想。”
倪听了后立时要翻脸，担任会议主席的冯国璋一看局面紧张，赶快把话拉开，把会议主题列入“能战始能言和”问题上。
张勋的代表万绳栻先一天没有表示意见，这一天却完全支持倪的意见，反对袁退位。 由此其他的代表遂不敢对此问题发言，于是会议中对于袁退位问题便作不出结论。
关于备战问题，倪与万绳栻询问各省能出多少兵？山东、江西和两湖代表都不做声。