七月十四日，黎元洪下令惩治帝制祸首：“自变更国体之议起，全国扰攘，几陷沦亡。始祸诸人，实尸其咎。杨度、孙毓筠、顾鳌、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可均拿交法庭，详确讯鞠，……余悉从宽免。”
护国军方面提出的惩治帝制祸首是十三人，即所谓的“六君子”和“七凶”，合称十三太保。经各方讨价还价，黎元洪中间调和，最后定为以上八人。
此前的六月十日，黎元洪已下令撤销了袁世凯搞的那个陆海军大元帅统帅办事处。加上恢复旧《约法》和国会及惩治帝制祸首，这也被称做黎元洪上任大总统三把火，大得人心。
恢复旧了《约法》和国会，惩治了帝制祸首，护国的目标已基本达成。不久，唐继尧、岑春煊、梁启超、刘显世、陆荣廷、陈炳焜、吕公望、蔡锷、李烈钧、戴戡、刘存厚、罗佩金、李鼎新等联合通电撤销西南军务院，声明国家一切政务，静听元首、政.府和国会主持。
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国内矛盾缓和，南北也初步达成了统一，人们对国家的前途满怀期待。
黎元洪和段祺瑞，一个是总统，一个是国务总.理，这两个人的组合真的很不错。前面说过，当时的中国，最有实力的军事集团是北洋军，虽然，袁世凯死后，北洋系有些群龙无首，但段祺瑞基本上还是能够掌控的。而黎元洪在当时，即使没有能力把各方完全的凝聚起来，但还是能在很大的程度上协调各方面关系的。
这两个人，个人品质都不错，也都有治国理政的能力。
历史给了这饱经苦难的国家以机会，假如黎元洪和段祺瑞能够精诚合作，假如总统和国务总理能够形成合力，只可惜这两个人根本搞不到一起。
有人说，在袁世凯时期，内阁的责任制一直是可望而不可及的。像袁世凯那样的死死地把什么权力都抓在手中的总统，内阁的责任制当然无法实现。到了黎元洪当总统，段祺瑞为国务总理时，内阁的责任制是真的实现了，只是过了头。
段祺瑞这个总理和总统黎元洪的关系不睦，既有近因也有远因。
前面说过了，黎元洪当了副总统后，袁世凯一直想把黎元洪从湖北老窝挖出来，几次不能得逞后，直接派人去逼请。黎元洪一上火车，就直接由逼走黎元洪的人，把湖北都督的位置占上，我们知道，这个人就是段祺瑞。
段祺瑞署理湖北的时间虽只有几个月，但他干了件事，把湖北的军队裁撤了，用北洋军取而代之。这其实是把黎元洪的老窝给端了，黎元洪对此能不心存芥蒂吗？
两个人合不来的一个重要因素，是段祺瑞压根就没看得起黎元洪。军人是讲官阶的，民国前两个人的官职固然是其中的原因，但还有更重要的。
黎元洪的床下都督的说法虽是谣传，但已经是真假难辨并广为流传，别人信不信不知道，反正段祺瑞是深信不疑。平白无故捡个大都督当就是了，这一不留神又捡个大总统当，段祺瑞能服气吗？
如果段祺瑞是个善于掩饰的人，是个心口不一的人就好了，但是，段祺瑞又正好是个真性情之人，有什么心事，一定要表现出来。
黎元洪脾气是不错，但毕竟是大总统，所谓狗尿苔不济，长在了金銮殿上，这最高领导的面子总是要要的。段祺瑞的鄙视，让黎元洪如何受得了？
在段祺瑞看来，我给你黎元洪个总统当，你捡了个大便宜，就好好当个橡皮图章就是了。捡了便宜就不要卖乖，什么事都不要管，免得添乱。
如果黎元洪是个只想当官不想管事的人，那就好了。可惜他不是，而是个责任心特别强的人，是个在其位必谋其政之人。
一开始还可以，黎元洪在裁撤陆海军大元帅统率办事处时，因为这是袁以总统的身份抓军权的机构，袁在世之日和段闹得最不愉快的，就是这个机构。黎当总统，段肯定也不能再让这个机构存在，对此，段祺瑞自然积极支持。
而段祺瑞在下令裁撤京畿军政执法处时，因为这是袁的特务机构，也是被各方最痛恨的机构，黎元洪也深受其害，当然拍手称快。
但是很快，不愉快的事就来了。
都知道徐树铮是段祺瑞的智囊和心腹，因徐曾是袁世凯所最憎恨的人。段在袁政.府出任国务总理时，就为了要派徐树铮为国务院秘书长而和袁闹得极不愉快。现在袁世凯这个障碍没有了，段当然要启用徐了，所谓一朝天子一朝臣。
让人想不到的是，黎元洪更讨厌这个徐树铮。